私がつけている帳簿と申告書の収入が明らかに違うのですが

 まず、帳簿が正しいのか申告書が正しいのかを、はっきりさせることが大事です。

帳簿が正しくて、申告書が間違っている場合は、申告書を直さなければいけません。